CoMFA使用说明

添加参数后的表格如下：

点击QSAR→Partial Least Squares，弹出如下界面

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1、 留一法 点击leave－one－out为红色

去掉use samples，在Column filtering中填入过滤值，建议为2（能量大于此值的分子将被过滤），在components 中填入主成分数，可以大一些，这是PLS的优点之一，即我们填入的主成分数过大，它也能自动找到一个合适的主成分数。最后在Analysis Name 中填入文件名。点击Do PLS，提示为PLS命名－ok 该过程较慢，需要耐心等待。

计算完毕，在shell中出现component 值和R2的值，注意此时的主成分数需要在下一步No－cross－validation中的component中填入。 2、非交叉验证：点击No－cross－validation

在上面的界面中点击No－cross－validation，填入上一步得到的主成分数，命名－Do PLS，当返回表格后，点击end

上面的结果，F值，立体场，静电场等会在shell中出现

第五步 查看CoMFA图

在分析表格中点击QSAR→View QSAR→CoMFA,出现下列表格

选择show sterics→show或show electrostatics，出现立体或静电彩图

第六步 平动转动：

1. 准备工作

程序文件：rotate.sh, rotate.spl, trans.sh, trans.spl, generate_box.awk

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需要准备的文件：align.mdb, activity.txt

结果输出文件：rotate (graph.file, message ), trans (graph.file, message, original) 2. 具体步骤 2.1 转动

2.1.1 命令：sh rotate.sh

注意：可以改变的地方.dbname改成要进行转动的数据库；txtname为活性数据文件；output_file是结果输出文件名；increment为转动角度；select 是val的数目。此步生成很多数据库，完成后把没用的数据库删除。

其中调用的rotate.spl文件可以修改step_size, charge, probe_atom, min_sigma, principal_componet

2.1.2 结果分析：

graph.file文件中前三列是X，Y，Z轴的转动角度（0，30，60，90，……）对应着数据库的名字（0，1，2，3，……），例如下图中的第二行（30 0 0）对应数据库database1_0_0.mdb.

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第四、五列是leave-one-out的主成分数和q2值。

2.2 平动

2.2.1 命令：sh trans.sh

转动后得到最好的数据库基础上进行平动。同理转动，修改dbname, txtname, output_file, step_size, increment.

同理可以修改principle_component.

trans.spl中的

step_size, charge, probe_atom, min_sigma,

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