人的B7H3蛋白3D建模

3bis.pdb为模板

第一步：perform alignment result:

第二步：generate model result: (勾选include hetroatom)

得到初步的建模序列文件query.B99990001.pdb

第三步：Manual loop modelling:

因为2ig与4ig序列不同的7个碱基RSPTGAV 其比对模板序列中1igt有一段与其相近，而1igt在mgenthreader结果中存在，也与其是结构相似序列，因此选取它来修饰模板序列3bis中缺失的该段结构。考虑到整个二级结构比较近似，后面也将会以1igt为模板在进行下建模比较。

得到进一步优化模型query.BL00010001.pdb

第四步：mode optimization (模型进一步动力学优化perform its dynamics!)结果：

模型最后一段，如上显示，在二级结构预测中应该是跨膜区

在DOPE score（为负数）上通常是越小模型较好，上面的得分值为-31512…. 下面的为-28188., 因此理论上可能这个模型比下面的稍好。

1igt.pdb为模板

第一步：perform alignment result: