人的B7H3蛋白3D建模

建模序列

从上面结果得到胞外序列进行建模如下： >human_b7h3_4ig_cyt-out

LEVQVPEDPVVALVGTDATLCCSFSPEPGFSLAQLNLIWQLTDTKQLVHSFAEGQDQGSAYANRTALFPDLLAQGNASLRLQRVRVADEGSFTCFVSIRDFGSAAVSLQVAAPYSKPSMTLEPNKDLRPGDTVTITCSSYQGYPEAEVFWQDGQGVPLTGNVTTSQMANEQGLFDVHSILRVVLGANGTYSCLVRNPVLQQDAHSSVTITPQRSPTGAVEVQVPEDPVVALVGTDATLRCSFSPEPGFSLAQLNLIWQLTDTKQLVHSFTEGRDQGSAYANRTALFPDLLAQGNASLRLQRVRVADEGSFTCFVSIRDFGSAAVSLQVAAPYSKPSMTLEPNKDLRPGDTVTITCSSYRGYPEAEVFWQDGQGVPLTGNVTTSQMANEQGLFDVHSVLRVVLGANGTYSCLVRNPVLQQDAHGSVTITGQPMTFPPE

通过PSI-BLAST搜索同源

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&BLAST_PROGRAMS=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome

通过mgenthreader进行折叠相似搜索

http://bioinf4.cs.ucl.ac.uk:3000/psipred/

通过 ProDom 划分 domain

http://prodom.prabi.fr/prodom/current/cgi-bin/request.pl?SSID=1275614364_3305&db_ent1=PD985010

通过Modeller进行蛋白三维模拟

因为3bis对应的两条链三维结构3bisA与3bisB同查询的B7H3_4ig e-value数值都等于0， 且在前面的mgenthreader结果中3bis也排在比较前位置，故而选3bis为模板进行建模。