以endo-beta-1,4-galactanase为例介

以endo-beta-1,4-galactanase为例介绍其氨基酸序列调取、序列比对及建树的流程 一：序列序列调取

1. 在BRENDA（http://www.brenda-enzymes.org/）搜索酶，如下图：在搜索框内输入

“endo-beta-1,4-galactanase”选择搜索内容，如下图篮框“Enzyme”, 点击“Start search”显示搜索结果。

2. 搜索结果见下图

3. 双击红色方框，显示所搜索的酶的氨基酸序列号

4. 双击上图红色序列号，如Q9X0S8，显示搜索酶的氨基酸序列，如下图：

5. 可以下载单个序列，也可以下载所有的数据中的endo-beta-1,4-galactanase，下载序列，

保存。 二、 序列比对

1.下载到的序列比对，选用比对软件”Clustal X”比对，序列载入

2.序列比对

3.保存

三、构建系统发育树

选用MEGA6 构建系统发育树：

Mega因为操作简单，结果美观，很多研究者选择用它来建树。

(1) 首先用Clustal X进行序列比对，剪切后生成D:\\文老师\\酶\\Bifidobacterium.aln文件；

(2) 打开Mega程序，转化为mega格式并激活目标文件，

(3) File-Convert To MEGA Format- D:\\文老师\\酶\\Bifidobacterium.aln →D:\\文老师\\酶

\\Bifidobacterium. meg，

(4) Phylogeny-Neighbor-Joining(NJ) (5) Protein sequence→OK (6) 开始计算－得到结果；