RasMol 2中文使用说明书

CPK颜色模式：此模式是表示立体分子最常用、最传统的颜色模式，许多教学用的塑料分子模型即采用这个模式。是由Corey与Pauling开发，Kultun完善的，所以被称作CPK模式。该模式配色以原子为基本单位，具体方案为：

碳 氧 氢 氮 硫 磷

浅灰 红色 白色 浅蓝 黄色 橙色 绿色 褐色 蓝色 紫色 深灰 深红。

氯、硼

溴、锌 、铜、镍 钠 铁

钙及其它金属原子 未知

Shapely颜色模式：用于蛋白质与核酸分子的表示。每一种氨基酸与核酸的残基用一个特定的颜色来表示。

Group颜色模式：根据氨基酸与核酸残基在分子链中的位置进行上色。每一条链，从蓝色、绿色、黄色、橙色到红色。蛋白质的N端与核

酸的5’端为红色；蛋白质的C端与核酸的3’端为蓝色。如果一条链含有大量异种分子与它相连，则不一定从蓝色显示到红色。

Chain颜色模式：对蛋白质与核酸的每一根大分子链，均以单独的颜色显示。此种模式对展示蛋白质的亚基与DNA的双链结构均非常有用。 Temperature颜色模式：用来表示不同原子在分子中的不同的温度值（储存在PDB文件中），主要用于衡量给定原子的可移动性。数值越高，越偏重于暖色（红）；数值越低，越偏重于冷色（蓝）。

Structure 颜色模式：主要用来表示蛋白质二级结构。α螺旋表示为深红色；β折迭表示为黄色；转角（Turn）表示为淡蓝色；其它残基的颜色为白色。

user颜色模式：RasMol使用用户储存在PDB文件中的颜色方案显示三维分子。

主窗口（显示窗口）Options菜单中有一些选项，当用鼠标选择点击后，即为打开此选项，同时在选项前显示对勾；再次点击后，便取消此选项。各选项含意分别如下：

Slab Mode：RasMol设定水平方向为X轴，垂直方向为Y轴，垂直于显示屏向内为Z轴。当选定此选项时，程序形成一个垂直于Z轴的不可见平面，在此平面以外的分子结构不作显示。可以在命令行窗口中输入命令“Slab 数值”，以改变显示此分子部分的大小。数值从0—100，

即从全部不显示到全部显示。

Hydrogens：这是一个开关，当选择它时（也就是Options

菜单下Hydrogens项前有打勾），程序的任何操作均对氢原子有效，即立体图显示氢院子而不选择它时，则氢原子不作显示。

Hetro Atoms：与Hydrogens相似，也是一个开关，当选择它时，大分子中的异族原子均显示，否则不作显示。这些异族原子主要为水分子、辅因子、其它溶剂以及配体。

Specular：此选项用来选择所显示的三维分子是否在其表面反光，以使其三维立体效果更强。

Shadows：用来选择显示分子是否产生投影效果，以使其三维立体效果更强。

Stereo：在主窗口上显示左右两个立体分子。

Labels：程序在主窗口上显示三维立体分子的同时，显示各原子或片段相应的信息。可以通过命令行窗口输入此命令。

RasMol还可以将所显示的三维分子结构以其它通用的图像格式输出到文件。这样，不需用RasMol，只要用其它图像软件，就可以观看、处理此图像。菜单中的Export项即为此功能。可以输出的图像格式包括：BMP、GIF、EPSF、PPM、RAST。

旋转所显示分子的方法有三种。第一种为用鼠标点击窗口右方与下方的滚卷条，立体分子将以X轴或Y轴旋转。更常用而且方便的方法

为：将鼠标移至主屏幕区，按住鼠标左键，移动鼠标，就可以任意旋转此分子。以上所说的旋转均为X轴或Y轴旋转，若要以垂直于屏幕方向的Z轴旋转，按住键盘上的Shift键，同时按住鼠标的右键，移动鼠标，即可实现以Z轴旋转。第三种旋转分子的方法为通过命令行方式，这就比较复杂，大家可以通过阅读帮助文件自己学习掌握。 常用的鼠标操作除了以上所说的两种外，还包括以下几种： 改变分子X、Y轴的位置：按住鼠标右键，移动鼠标；

放大、缩小：按住键盘上的Shift键，同时按住鼠标左键，移动鼠标。 改变Slab Plan平面的位置：按住键盘上的Ctrl键，同时按住鼠标的左键，移动鼠标。

RasMol还允许用户在屏幕上选择对象。只要鼠标移动到图像区，鼠标的形状便成为白色的十字，以方便选择所要显示的对象。用鼠标的十字移动到想要选取的对象上，按下左键，程序便识别出鼠标所指的对象，同时在命令行窗口中，显示原子名、序号、残基名与残基号。若此原子为一条链的组成部分，也将显示出链名。以下为RasMol在命令行窗口中所显示的两个例子：

Atom：CA 349 Group：SER 70

Atom： O 526 Hetero：HOH 205 Chain：P

第一行表示为所选择的原子为此显示蛋白分子中70Serine氨基酸的α碳，编号为349.第二行描述的是附于主分子P链中的水分子的氧原子。

Hetero表示为非主分子（如辅因子），Group表示为主分子。

RasMol具有相当多而且强有力的命令行语言，通过使用它们，可以比用鼠标直接从菜单中选取的操作具有更多的功能。例如，你打开一个DNA或蛋白分子，并在Display菜单中选择Backbone骨架模式，在Colour菜单中选择Chain链模式，在这种模式下，你就能看到存在几条氨基酸链或核酸链，并且每根链有一种不同的颜色。若想知道除了DNA与蛋白质是否还有其它分子存在，在命令行窗口中敲入select not （protein or dna），敲入时包括括号，然后回车，程序便选中除了DNA与蛋白质的原子。若有原子被选中，只要在Display菜单中选择Spacefill模式，便显示出所选中的原子。用鼠标点击它们，便知是什么原子。而此操作只通过鼠标操作是无法完成的。

若要显示一个特定分子，我们必需提供给RasMol此分子的坐标文件，那么，在何处可以得到RasMol可显示的分子坐标文件呢？ 分子坐标文件常称作PDB文件，这是因为Protein Data Bank格式是使用最广泛的格式。最主要的蛋白质与核酸3D结构来源是Protein Data Bank站点（http：//www.pdb.bnl.gov），中国的镜像站点位于北京大学（http：//www.ipc。pku.edu.cn）。