NAMD入门教程（三）

4.4.2 恒力拉伸SMD结果分析 4.4.2.1 日志文件和轨迹动画

同上一节一样，我们先来看一下本次动力学模拟的日志文件和轨迹动画。

1、使用写字板打开3-2-pullcf目录下的日志文件ubq_ww_pcf.log，可以看到该日志文件同1-2-sphere目录下的日志文件ubq_eq_ws.log没有很大不同，只是缺少了能量最小化的输出数据，因为我们本次模拟不需要进行能量最小化。

2、按照上一节讲解的方法，首先载入文件ubq.psf，然后载入轨迹文件ubq_ww_pcf.dcd，选择Graphics→Representation菜单项，更改渲染方式为Cartoon，然后拖动播放控制滑块，观察蛋白质二级结构的逐渐变化。注意每一帧应该使用mol ssrecalc top重新渲染。（图）

图 恒力牵拉过程中的三帧 4.4.2.2 距离-时间作图 缺开头

1、选择Graphics→Representations 菜单项，单击 Create Rep按钮，在下面的Selected Atoms 一栏中填入: protein and resid 1 76 and name CA，然后回车。

2、下面三个Draw style选项进行如下更改： ? Coloring Method: Beta

? Material: MetallicPastel ? Drawing Method: VDW

以上设置过程如图：

图 显示模式的设定 更改完毕后, 旋转调整一下视角，可以看到固定原子和SMD原子已经分别以小球的形式显示出来，并分别着色为红色和蓝色。

3、单击一下VMD图形显示窗口，确保该窗口是当前活动窗口。按一下主键盘区的数字键“2”，鼠标指针会变成十字状。下面用十字分别单击选择已经显示为球形的固定原子和SMD原子，可以看到一条白色虚线连接了两个原子（图）。

图 标记两个原子之间的距离 4、选择Graphics→Lables菜单项，在Lables窗口左上角首先选择“Bonds”一项，然后点选Graph选项卡，单击显示出的“MET1:CA GLY76:CA”，再单击按钮Graph，可以得到两个原子间距离对时间的作图。当然读者也可以单击Save按钮，将数据保存成文件后使用Excel作图。

图 Labels显示设置方式 图 固定原子和SMD原子间距离对时间作图