NAMD入门教程(三)

白质跨膜转运，将蛋白质从细胞质溶质装移到细胞内的不同部位。在跨膜的过程中，蛋白质必须解折叠，以便于跨膜转运。解折叠的过程是蛋白质信号序列或前导序列一端固定在膜上，整个肽链 signal）序列。这一信号序列决定了蛋白质的趋向和最终定位（470页）…… 4.4.1.3 牵引力-时间作图

下面我们将分析牵引拉力随时间的变化情况，并使用Excel进行作图。 1、在tk中使用cd命令改变当前目录到3-1-pullcv，然后输入： mkdir analysis

这样我们在3-1-pullcv目录下新建了一个文件夹analysis，用于储存我们分析时生成的数据文件。

2、下面我们将使用一个脚本文件从日志文件中提取NAMD输出文件中关于SMD受力大小的信息。脚本文件就在3-1-pullcv目录下，读者可以输入dir命令查看当前目录下的文件，应该有一个文件为ft.tcl。下面在tk中输入：

source ft.tcl

这样就调用了脚本文件ft.tcl。调用之后，脚本会要求用户输入三个值：n_x，n_y，n_z。分别输入我们在4.2.2一节计算得到的拉力矢量坐标（0.3671,0.3783,0.8498）（图）。该脚本最后会在3-1-pullcv/analysis目录下新建文件ft.dat储存提取出的数据。

图 ft.tcl脚本的调用 3、关闭VMD，下面我们将使用Excel进行作图。打开Excel，选择菜单项File → 打开，文件类型一栏要选择“所有文件”，找到3-1-pullcv/analysis目录下的文件ft.dat,打开它。在弹出的“文本导入向导”中，先单击“下一项”，然后一定要选中“空格”一项，再单击“完成”。（图）

图 文本导入向导 现在在工作簿中，A列是动力学模拟的步数，B列是作用力的大小。下面我们将要将作用力对步数作图。选择插入→图表，图标类型选择XY散点图，子类型选择右下角“无数据点折线散点图”，单击按钮“下一步”，再单击按钮“完成”即可得到图表：

图 图表类型的选择 3500300025002000150010005000-5000-1000500010000150002000025000系列1图 Excel作出的拉力-时间（timesteps）图 下面应该是分析：从图中能得出什么结论来？