生物质谱在蛋白质组学研究中应用 - 图文

iTRQA试剂结合生物质谱用于蛋白

质组的相对定量方法

基本原理

（1）试剂的反应基团（PRG）特异地与肽段的N-端氨基和Lys的ε-氨基结合；

（2）平衡基团与不同质量的报告基团在一级质谱图上显示为一个峰，为肽段质量数加上144 Da；

(3) 在二级质谱图上，报告基团特异性地断裂，其比值即为两样本中蛋白的相对定量。

考察因素

（1）标记完全程度；

（2）动态范围(30倍，相对误差<30%)； (3) 灵敏度;

（4）色谱行为，同位素效应不显著； （5）质谱行为，主要为y离子序列。

通过实验的考察和优化，建立了iTRAQ标记试剂结合MALDI TOF-TOF MS的蛋白组相对定量方法。

应用：脂肪肝大鼠肝组织全蛋白

注意事项：

（1）不能引入带有伯氨基的试剂（还原剂：TCEP；半胱氨酸残基封闭剂： MMTS（硫甲磺酸S-甲酯 ））； （2）标记过程中水相比例：小于30％；

（3）体系不能肽复杂，即对于复杂生物样本需要预分离步骤。 SILAC标记结合生物质谱定量蛋白质组方法的建立和应用

细胞培养的稳定同位素标记技术(SILAC)的基本原理：分别用含有天然同位素和稳定同位素标记的必须氨基酸取代细胞培养基中的相应氨基酸，通过5-6代的细胞传代，稳定同位素标记的氨基酸完全掺入到细胞合成的蛋白质中，从而实现基于质谱的蛋白质组定量分析。

方法特点：简单、直接、高效、准确。

应用：寻找阳性率高、特异性强的肝癌标志物的研究课题。

通过对甲胎蛋白阳性肝癌细胞系和甲胎蛋白阴性肝癌细胞系差异比较研究，发现了一批甲胎蛋白阴性的差异蛋白，其中蛋白分子TGM2在甲胎蛋白阳性和阴性肝癌细胞中有显著差异，有可能成为肝癌诊断的标志物。 DTPA螯合稀土金属标签蛋白质组定量 原理和方法流程图

实验方法考察