RasMol 2.6使用说明

观察生物分子的窗口——RasMol 2.6

组成自然界中各类生命的最重要的物质是蛋白质，而核酸是揭示生命遗传与变异的主要物质。它们是生命科学与生物化学中，最重要的两类生物分子。了解蛋白质与核酸的三维结构，及其与功能的关系，对一个生物化学家来说，是非常重要的。RasMol 2.6正是这样的一个软件，它利用计算化学与分子图形学以及信息产业的同步高速发展的成果，使一个普通的科研工作人员，在自己的个人电脑上，就可以从Internet上的各种免费数据库中，下载所需观察与研究的分子坐标文件，进而通过RasMol 2.6以各种模式、各种角度，甚至按照自己的意愿旋转着，观察此分子神秘的微观三维立体结构，进而了解化合物分子结构和各种微观性质与宏观性质之间的定量关系。

RasMol 2.6是一个观看分子三维立体结构的软件，其作者是Glaxo&Wellcome公司（世界第一大制药公司）研发中心的科学家Roger Sayle。它有适用于不同机器、不同操作系统的各种版本。从PC机到Macintosh（苹果）机，从DOS到WINDOWS到UNIX系统，均有不同的版本运行。同时，作者与Glaxo&Wellcome公司作出了一个非常了不起的决定，将软件与程序源代码免费发布给大家，便于大家共同使用与改进此软件，进而提高计算机在生物化学方面的应用。

RasMol 2.6最大的特点是界面简单，基本操作简单，运行非常迅速，对机器的要求较低，对小的有机分子与大分子，如蛋白质、DNA或RNA,

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均能适用，且显示模式非常丰富。以前同类的分子图形软件，对计算机硬件的要求非常高，常常要求的硬件环境为图形工作站，虽然功能较多，但作为商业软件，自身价格极为昂贵，所以，只能为少数拥有大量科研经费的科研单位的科研人员所用。RasMol 2.6则克服了这些缺点，使任何一个人，应用普通廉价的计算机，为了科研、出版甚至仅仅为了教育的目的，就可以方便地显示一个分子的微观三维立体结构。

让我们用适用于WINDOWS 95操作系统的32位版本为例，介绍一下RasMol 2.6的界面、操作以及它强大的功能。

该版本的RasMol 2.6执行文件仅为341K, 在程序管理器中双击RasMol图标，开始运行RasMol。当运行RasMol时，程序首先打开具有黑色背景的主窗口（显示窗口），如下所示：

运行 RasMol同时也会打开另一个窗口，其背景色是白色的，被称作“命令行窗口”。初始运行时，命令行窗口通常为最小化状态，显示于WINDOWS 95的状态栏上。用ALT-TAB键切换，即可打开该窗口。在主显示窗口的菜单中的任何选择和操作，均可在此窗口中输入命令行实现，甚至一些特殊效果，必需在此窗口中输入命令才能实现。显示如下：

移动并调整两个窗口的大小与位置，使自己可以同时看到两个窗口，以便于操作。

要通过RasMol观看一个分子，首先点击主窗口的File菜单，打开一

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个描述分子立体结构的原子坐标文件。RasMol支持的文件格式包括：Brookhaven Protein Database（PDB）格式、Tripos Associate’ Alchemy 格式、Sybyl Mol2格式、Molecular Design Limited’s (MDL) Mol格式、Minnesota Supercomputer Center’s （MSC） XYZ格式与CHARMm格式文件。最常用的设置，也是软件缺省的设置为PDB文件格式。也可以从命令行窗口输入load命令，打开文件，格式如下： RasMol> load [文件格式] 文件名

打开一个文件，看到分子后，可以通过选择菜单中不同的显示模式与颜色模式来变换分子的三维立体结构的外观。Display（显示）菜单下，共有八种显示模式，含意分别为：

Wireframe模式：分子的原子用点表示，键位用细线表示； Backbone模式：显示分子的大致骨架，用圆柱表示； Sticks模式：分子的键位用圆柱体表示；

Spacefill模式：原子用球体表示，有机化学课本里的分子立体结构，常用此模式表示；

Ball&Stick模式：用球-棒模式表示分子； Ribbons模式：用带状表示大分子； Strands模式：用网状带子表示大分子；

Cartoons模式：这是2.6版本的新增功能，用夸张的表示方法，表示某些特殊的结构。例如，用板条装代表蛋白质的β折叠，用弹簧状代表

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蛋白质的α螺旋。

对小分子来说，只有Wireframe与Sticks模式可以选择。

如何通过命令行窗口改变显示模式呢？例如，要用Ribbons模式显示，只需在命令行窗口输入Ribbons后，回车即可。改变为其它模式也是如此。而且，用命令行模式，还有更为灵活的地方，可以在输入命令后，输入数值，以改变键位与原子的粗细与大小，得到更满意的效果。还能用命令行输入命令，进行一些特殊显示。例如，输入命令ssbonds，可以显示分子中的双硫键；输入命令hbonds，可以显示氢键。在命令后加上数值，可以改变这些键显示的尺寸。

解释一下这些数值的含意。RasMol的基本单位是1/250埃，输入命令后加上的数值，即为1/250埃的倍数。若带上小数点，则单位为埃。例如，输入3 ,就代表3/250埃，而3.0则代表3埃。以下为一个ATP分子输入命令wireframe 3 与命令wireframe 1.0时，不同的显示效果。

除了可以调整不同的显示模式，RasMol还可以选择不同的颜色模式。在Colours菜单下，有以下几种颜色模式： Monochrome颜色模式：即为单色模式；

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