生物信息学作业

1. 找到编码拟南芥phyA基因的核酸序列编号，记录查找过程，并以FASTA序列格式显示列出。

2.从NCBI上下载三条或者三条以上你感兴趣的一类基因或者蛋白（如血红蛋白等）序列，通过Clustalx软件进行比对，列出比对结果。

3. 2003年，中国发生了著名的“非典”疫情。非典病毒很快被归为冠状病毒科（Coronavirus），某些专家宣称其是由果子狸上的某种已知冠状病毒自然变异而来。然而，2003年4月16日香港《大公报》援引俄罗斯院士的观点，指出非典病毒是美国制造的生物武器，并非自然变异而来。中国国内的部分科学家也持类似观点，认为非典病毒不能由冠状病毒自然突变而来。究竟哪种观点正确？如果非典病毒不是由已知冠状病毒种类自然突变而来，那它最有可能由什么病毒人工改造而来？

请通过对以下序列的分析来得出结论。

广东分离并测序出的第一株SARS毒株GD01全基因组序列：NCBI数据库号为 AY278489

北京分离并测序出的第一株SARS毒株BJ01全基因组序列：NCBI数据库号为 AY278488

当时已知的冠状病毒科有三大类，即三个Group。这里为简便起见，分别给出三个Group的模式代表病毒全基因组序列： Group1 代表病毒 HCoV-229E: NC_002645 Group2 代表病毒 BCoV: NC_003045 Group3 代表病毒 IBV: NC_001451

你也可以根据研究目的，使用其他的信息分析得出更加确定的结论，但作业中必须包含以上序列分析的结果。

4. 根据不同SARS病毒株基因序列，构建SARS病毒系统树 病毒株 基因存取号 GZ01 AY278489 ZS-A AY394997 ZS-C AY395004 GZ-B AY394978 Palm civet AY627048 CUHK-AG01 AY345986 TW1 AY291451 Sin2500 AY283794

5. 从蛋白数据库中找出扩展青霉脂肪酶蛋白的一级结构和三级结构，并将其三级结构以图片的形式保存输出。