毕业设计 - 图文

重庆邮电大学本科毕业设计（论文）

图 3.2 merge structure的使用

运行后得到两个融合文件：p53DBD-DNA_merg.psfp53DBD-DNA_merg.pdb文件，p53DBD-DNA_merg.pdb图像如图1.7。

和

4. 将p53DBD-DNA复合物溶解，在生物体的反应中，所以的反应都是在内

环境中进行的，反应物都被溶解在水中，在NAMD模拟过程中也要将其溶解在水溶液中。具体的步骤：

点击vmd主程序窗口的Extension菜单下的TKConsole，打开了一个tcl脚本的命令行窗口，将命令行的中的路径定位到一步用到下面的tcl命令： Source wat_sphere.tcl 此处wat_sphere.tcl保存在

文件夹下，其详细

，下

脚本见源码2。运行上面的命令会得到以下五个文件：p53DNA_merg_ws.pdb，p53DNA_merg_ws.psf，del_water.pdb，del_water.psf及del_water.log，还会有如下信息输出：

CENTER OF MASS OF SPHERE IS: -16.468 -13.973 -19.864 RADIUS OF SPHERE IS: 61.204

输出的起第一条信息是：溶解物种的中心，输出是第二条信息是溶解球体的半径。这两条信息在运行NAMD的配置文件中会用到。

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5.

为溶解体系加入Na+，为反应体系加入Na+有两方面的重要作用，一是平

衡体系中的离子，防止出现明显的带电情况而影响模拟结构；二是在生物体中的反应也都是处在Na+离子的环境中的，这也是为了更好的模拟。加入Na+的过程采用的是vmd中的一个插件(add ions)，具体操作如下：

图 3.3 add ionsd 使用

运行后会产生两个文件，其文件名为：p53DNA_wat_ionized.pdb和p53DNA_wat_ionized.psf。

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第二节 运行模拟程序

一、 编写配置文件

配置文件是NAMD程序运行的必须要件，文件中包含了控制模拟的参数，和选择的立场参数文件的类型，本文所采用的具体参数文件见源码3(sample_0.conf)。NPT加和计算模块被运用，对于系统是运用的周期边界条件，静电力学的计算运用的是pme算法，非共价的距离，开关距离和非共价对距离分别是14 16 18埃，SHAKE算法用在氢键每2-fs秒一步，对于共价键用Verlte-1多步法2fs一步，对于短程的非共价键利用4fs一步，和对于长程的静电引力8fs一步，加在系统上的温度和压力常量维持在一个各向都相同的朗之万等压器和朗之万等温器

二、 运行模拟

打开windows下的控制命令行，将其定位到

目录下，在这个目录下保存着上一步生成的两个文件(p53DNA_wat_ionized.pdb和p53DNA_wat_ionized.psf)还有par_all27_prot_na.prm立场参数文件，除此以外还有sample_0.conf配置文件。具体操作：在命令行输入如下命令：

namd2 sample_0.conf > sample_0.log

上面的命令的目的是调用namd2这个程序在sample_0.conf的配置条件下生成sample_0.log日志文件，此日志文件中记录了的字段有

ETITLE: TS BOND ANGLE DIHED IMPRP ELECT

ENERGY:1430 1393606.3217 47781.2705 4925.4839 1508.3013 -425794.5873

VDW BOUNDARY MISC KINETIC TOTAL TEMP 366779.6638 370158471.1849 0.0000 0.0000 371547277.6389 0.00 POTENTIAL TOTAL3 TEMPAVG 371547277.6389 371547277.6389 0.0000 除了生成的日志文件以外还生成了如下文件：

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图 3.4 NAMD模拟生成结果文件

从这些文件中提取信息分析数据，得到结果。

第三节 模拟结果

对于生成的结果文件中保存着有效的数据，但不能直观的看到结果，我们要通过以下处理方式

一、 计算其RMSD值

位置标准差(RMSD)在反应中是一个很重要的衡量参数[10]，RMSD被定义为：

Na表示被比较原子的原子数，Nt表示被比较原子的时间步，

位置向量

表示平均的位置向量，其中

是在时刻的

。

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