生物信息学名词解释

Alignment file(后缀为.aln)：显示多重比对的具体结果，可从中观察到序列间相似或保守的区域。

Guide treefile(后缀为.dnd)：依据序列间的相似程度显示序列间可能的进化距离，并以此生成进化树，研究其进化关系。

Your input file(后缀为.input)：里面包含用户输入的序列。

(SCUT_Jason整理) 11）为什么蛋白质空间结构预测很重要，目前有哪几条途径用于从蛋白质的氨基酸序列预测其空间三维结构？

答：蛋白质空间结构的预测很重要。研究蛋白质结构，有助于了解蛋白质如何行使其生物功能，认识蛋白质与蛋白质（或其它分子）之间的相互作用，通过分析蛋白质的结构，确认功能单位或者结构域，可以为遗传操作提供目标，为设计新的蛋白质或改造已有蛋白质提供可靠的依据，同时为新的药物分子设计提供合理的靶分子结构。

目前有三条途径用于从蛋白质一级序列预测其空间三维结构：

A、同源建模法。是蛋白质三维结构预测的主要方法。对于一个未知结构的蛋白质，首先通过序列同源分析找到一个已知结构的同源蛋白质，然后，以该蛋白质的结构为模板，为未知结构的蛋白质建立结构模型。前提是必须要有一个已知结构的同源蛋白质。

B、穿针引线法。需建立核心折叠数据库，在预测蛋白质空间结构时将一个待预测结构的蛋白质序列与数据库中核心折叠进行比对，找出比对结果最好的核心折叠，作为构造待预测蛋白质结构模型的根据。

C、从头开始法。在既没有已知结构的同源蛋白质、也没有已知结构的远程同源蛋白质的情况下，直接根据序列本身来预测其结构。该方法先对蛋白质及溶剂作近似处理，再建立能量函数，通过对构象空间进行快速搜索找到与某一全局最小能量相对应的构象。

12）引物设计的基本原则有哪些，有哪些基本参数要考虑，最常用的引物设计软件是什么？ 答：引物设计的基本原则：引物与模板的序列要紧密互补；引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构；引物不能在模板的非目的位点引发DNA 聚合反应(即错配)。

有如下这些基本参数要考虑：引物长度，产物长度，序列Tm 值，引物与模板形成双链的内部稳定性(用?G值反映)，形成引物二聚体及发夹结构的能值，在错配位点的引发效率，引物及产物的GC 含量，等等。

最常用的引物设计软件是：Primer Premier.

13）你所知道或浏览过的著名系统生物学网站是什么，包括哪些主要内容？

答：NCBI（美国国立生物技术信息中心）。该网站具有NIH遗传序列数据库Genbank，一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。GenBank同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库每天交换数据。在该网站上，用户可通过检索系统Entrez搜索核酸序列，蛋白序列，大分子结构，全基因组等数据库，以及通过PubMed检索杂志文献。另外，该网站本身还带有一个序列相似搜索程序BLAST，作为鉴别基因与遗传特点的手段，它能在短时间内对Genbank数据库进行序列搜索。

在这个网站上还有其他有用的信息：孟德尔人类遗传（OMIM），三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB），唯一人类基因序列集合（UniGene），人类基因组基因图谱，分类学浏览器，同国立癌症研究所合作的癌症基因组剖析计划（CGAP）等等。

14）什么是分子对接，什么是力场，在计算机生物大分子辅助设计中有什么作用？

答：分子对接是指两个或多个分子通过几何匹配和能量匹配相互识别的过程，在药物设计中有十分重要的意义。它计算把配体分子放在受体活性位点的位置，然后按照几何互补、能量互补以及化学环境互补的原则来评价药物和受体相互作用的好坏，并找出两个分子之间最佳的结合模式。

分子力场根据量子力学的波恩-奥本海默近似，一个分子的能量可以近似看作构成分子的各个原子的空间坐标的函数，简单地讲就是分子的能量随分子构型的变化而变化，而描述这种分子能量和分子结构之间关系的就是分子力场函数。分子力场方法的计算量比量子力学从头计算的方法少数十倍，而精度相差无几，因此对大分子复杂体系而言，分子力场法是一套行之有效的方法。

在计算机辅助的生物大分子设计中，特别是药物的设计中，分子对接方法主要用来从化合物数据库中搜寻与受体生物大分子有较好亲和力的小分子，从而发现全新的先导化合物。在这个过程中，需要用分子力场势能函数作为分子对接的评价函数。

15）用什么图形化软件使PDB的蛋白质原子坐标转化为图形可视化的空间结构？

答：使用Swiss PDB Viewer可使PDB的蛋白质原子坐标转化为图形可视化的空间结构。在该软件中，可以将两个以上的蛋白质重叠放置以进行结构比对，比较活性位点及其他相关部位，借助直观的图形及菜单界面还可以轻易地获取氨基酸残基的替代、氢键、键角及原子间距等信息。

另外KiNG Viewer、Jmol Viewer、WebMol Viewer、Protein Workshop、Rasmol Viewer等软件也能实现这个功能。