AutoDock&ADT教程 - 图文

图38：选择不同rms进行聚类的结果

以ind：2.0 rms为例，点击柱状图中最左边条带（纵坐标为2包含两个分子构象），分子构象载入分子显示窗口，同时出现ind对话框，通过点击左/右键可以很方便的切换这两个分子（图39）。

图39：观察聚类后的分子构象

4． 在Receptor环境中观察对接构象

ADT菜单：Analyze → Macromolecule → Open … 载入Receptor刚性部分分子“hsg1_rigid.pdbqt”，这样就能看到Ligand分子在Receptor分子中的情况（图40）。

图40：载入Receptor分子刚性部分后的效果（为了方便观察，将hsg1_rigid以Ribbon

模型显示，两种颜色表示两个亚基）

ADT菜单：Analyze → Grids → Open …打开O原子的AutoGrid Map文件“hsg1.OA.map”（图41，42，43）。

图41：选择不同原子类型Map文件

图42：设置isocountour的IsoValue值（Kcal/Mol）

图43：打开“hsg1.OA.map”，IsoValue=0.5的显示效果

通过上面的操作虽然能显示不同类型原子的操作，但是确不能很好的将Ligand分子与周围Receptor分子氨基酸残基的相互作用表现出来。现在，按照前面介绍过的方法将Receptor上两条链中的两个ASP25氨基酸残基显示为求棍模型，调整观察角度及位置。从下图（图44）中不难看出，抑制剂中（Ligand）O2原子，被两个ASP25残基上的O所形成的氧亲和性口袋所浸没。而且如果你载入其他能量较低的分子构象，你会发现不同对接构象中的这个氧原子同样被浸没在这个口袋中，可见这个O在这个抑制剂中起了至关重要的作用。

图44：Receptor的两个ASP25残基上的O与Ligand上O的相互作用