脉冲场电泳(PFGE)数据分析

上海一贝科技有限公司

细菌分子分型技术服务(PFGE/MLVA/MLST)

一、产品描述信息

过去20年的实践证明，分子分型方法在细菌的分子流行病学、种群结构分析、基因多态性分析等方面显示了很好的应用能力，在疾控、医药、农业、食品、环境、出入境检验检疫等领域发挥重要作用。其中脉冲场凝胶电泳（PFGE）、多位点序列分型（MLST）和多位点可变数目串联重复序列分型（MLVA）三种技术是目前应用最广泛的细菌分子分型方法。

PFGE以其重复性好，分辨力强而被誉为细菌分子分型技术的“金标准”。它可以用于大分子DNA的分离，其分辨范围达到10 Mb。PFGE选用识别低频率酶切位点的内切酶切割基因组DNA，获得的DNA大片段在外加脉冲电场的低浓度琼脂糖凝胶中分离，产生数量有限的DNA条带，在凝胶上按染色体片段长度的不同而呈现出电泳带型，从而实现对菌株分型以检测菌株的基因多态性。

MLST是基于细菌核苷酸序列比对的一种分子分型方法，其原理是通过比较细菌个体7个或者更多管家基因的核苷酸序列的多态性，确定其基因多态性，同时通过划分序列群和构建最小生成树来揭示细菌群体遗传结构。

MLVA是基于细菌基因组中多个位点的数目可变化的串联重复序列核心序列的拷贝数的差异来对不同细菌个体进行分型的一种技术。MLVA具有快速高通量易于操作等优点，不仅能确定基因多态性，而且能揭示细菌群体遗传结构特征。

使用PFGE、MLST、MLVA中的一种或者综合使用多种分型方法，可以揭示细菌的基因多态性和群体遗传结构，结合细菌的三间分布信息以及其他生物学信息（如耐药特征、特殊表型、毒力基因检测）等可以进行细菌的流行特征、传播机制、变异特征分析，以及特殊意义克隆群的甄别等研究，另外还可以为后续的研究，如全基因组测序、致病机制研究等项目筛选具有基因组代表性的测试菌株。

二、产品详细信息

1、技术路线

2、技术优势

1. 技术成熟，本团队具有丰富的实践经验，可为客户提供详细先进的实验方案； 2. 有多种分型方法组合供不同的实验目的选择；

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3. 性价比高，适合开展大样本量的实验项目；

4. 快速高效，只需一个月时间可以完成100株细菌的基因多态性和种群结构分析。 3、样本要求

1. 细菌（PFGE用）

冻存或者平板培养状态均可。 2. 细菌DNA（MLST和MLVA用）

浓度≥ 30 ng/μL；总量100μL；纯度达到可开展常规PCR扩增要求。

三、数据分析服务

BioNumerics主要应用：

? PFGE typing ? RiboPrinter typing

? MLST analysis、MLVA typing ? MALDI、AFLP、RFLP、RAPD ? REP-PCR、ARDRA、DGGE、TGGE ? Whole genome MLST ? Whole Genome Map Types ? Antibiotic resistance profiling ? Community fingerprinting ? Diversilab genotyping

? Hetero-Duplex Analysis (HDA) ? HIV drug resistance prediction ? ISSR-PCR using QIAxcel ? ITS typing

? MIRU-VNTR typing ? MLPA analysis

? Molecular surveillance ? Sequence-based typing ? Sequence repeat typing ? SmartFinder data analysis ? spa-typing

?

Taqman-based SNP genotyping

四、服务咨询及技术支持

电话: 021 - 6488 7580 QQ:327 162 799 E-mail：info@shanghaiep.com