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还原论方法由整体往下分解，研究得越来越细，这是它的优势方面，但由下往上回不来，回答不了高层次和整体问题，这又是它不足的一面，所以仅靠还原论方法还不够，还要解决由 下往上的问题。这也就是复杂性研究中所说的涌现问题。
较早意识到这一点的科学家是彼塔朗菲，他是位分子生物学家。当生物学研究发展到分子生物学时，用他的话来说，对生物在分子层次上知道得越多，对生物整体反而认识得越模 糊。在这种情况下，他提出了整体论方法，强调还是要从生物整体上来研究问题，但限于当时的科学技术水平，整体论方法没有发展起来。但整体论方法的提出，不失为对现代科技发 展的重要贡献。
上世纪70年代末，钱学森明确提出把还原论方法和整体论方法结合起来，并形成了他的系统论方法，这是钱学森综合集成思想在方法论层次上的体现。
综合集成方法的科学价值
到了80年代末90年代初，钱老又先后提出“从定性到定量综合集成方法”及其实践方式 ——“从定性到定量综合集成研讨厅体系”（两者简称为综合集成方法）。这就将系统论方 法具体化了，形成了一套可操作的、行之有效的方法体系和实践方法。其实质是把专家体系、信息与知识体系以及计算机系统有机结合起来，构成一个高度智能化的人－机结合体系， 这个体系具有综合优势、整体优势和智能优势，它是人－机结合、人－网结合以及以人为主的信息、知识与智慧综合集成的方法与技术，它能把人的思维、思维的成果、人的经验、知 识、智慧以及各种情报资料和信息统统集成起来，从多方面的定性认识上升到定量认识。
综合集成方法既超越了还原论方法又发展了整体论方法，它的技术基础是以计算机为主的现代信息技术，方法基础是系统科学与数学，理论基础是思维科学，哲学基础是马克思主 义的实践论和认识论。
运用综合集成方法所形成的理论就是综合集成理论。钱学森创建的系统学，特别是复杂巨系统学就是这方面理论的体现。把综合集成方法应用到技术层次上，就是综合集成技术， 系统工程就是用于系统管理的综合集成技术。把综合集成理论与技术用于客观世界的实践中，就是综合集成工程。
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