复杂网络分析库NetworkX学习笔记

四、小结

作为NetworkX学习笔记的第一部分，今天先简单介绍下NetworkX的安装与基本使用方法。后边有时间会陆续介绍：用NetworkX进行复杂网络拓扑结构统计指标计算、典型复杂网络建模（随机图、小世界、无标度等）以及复杂网络可视化的方法等，请感兴趣的朋友关注并提出批评与意见。

本文引用地址： http://www.sciencenet.cn/m/user_content.aspx?id=337442

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本文标签： 复杂网络 NetworkX

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发表评论人：[游客]binggan [2010-9-26 17:32:59] ip:202.117.58.*

有些人在照闫老师的方法安装的时候，可能找不到easy-install，我也是，真的没有的，就自己去下载安装一下，安装后可能也不是在Lib\\site-packages目录下，我的是在scripts目录下面的easy_install。

博主回复：谢谢补充，其实python的软件安装比较乱一些，可能会出现各种情况，我也没办法写得太详细了。总之祝大家好运吧，有的时候摸索还是必要的：）

[10] 标题：

发表评论人：jgshuhaihua [2010-9-25 16:52:57]

老师，你说的―pywin32、matplotlib和numpy是exe文件‖，为什么我按照你贴出的地址下载的文件都是.py文件，点击setup后就是控制台一闪就没有了？是我下载的文件不对吗？

博主回复：可能是，我下载的都是for win版本的，一般他都会提供两三个平台的版本。你再试一下，而且隔这么久了，版本可能会有变化，不过安装方法应该不会差别太大。祝你好运！

[9] 标题：

发表评论人：[游客]chenziheziye [2010-7-21 1:54:59] ip:123.101.231.*

闰老师好，我在研究通信网络，希望能用networkx做一些计算和展示，networkx有直接计算最短路径矩阵，或连接路径权矩阵的函数呀？

博主回复：用shortest_path_length(G, source=None, target=None, weighted=False)方法，返回一个二维数组，如果weighted=True，输出的就是权矩阵。详见：http://networkx.lanl.gov/reference/generated/networkx.shortest_path_length.html

[8] 标题：

发表评论人：[游客]nyjyrff [2010-7-19 10:27:06] ip:125.44.152.*

闫老师您好：我的系统是XP的安装pywin32、matplotlib和numpy时都提示找不到注册表，请问这个该咋办。多谢了

博主回复：这个问题我都没遇到过，估计是系统本身的问题，是不是安装了一写不允许访问注册表的软件，如360等？你自己再排查一下，正常在xp上装是没有问题的。

[7] 标题：

发表评论人：[游客]fjf [2010-7-1 22:28:51] ip:159.226.161.*

谢谢你，我是中科院理论物理研究所的学生，现在我们组里对于复杂网络这一块很感兴趣，导师希望我做一些调研，希望与我们现在的研究项目结合起来，希望能多交流。 博主回复：别客气，我的email：kaiseryxy@163.com

[6] 标题：

发表评论人：[游客]fjf [2010-7-1 18:44:19] ip:159.226.161.*

你好，请问这个工具能不能统计复杂网络中的最大cluster内包含的节点数啊？

博主回复：可以的，详细请看它文档的cluster部分，任何返回一个图G的方法都可以统计节点和边的数量。

[5] 标题：

发表评论人：[游客]蝶梦中 [2010-7-1 9:40:18] ip:219.239.227.*

非常感谢哦，我现在做毕业设计，基本上每次来您这都能找到有用的材料~ 博主回复：)

[4] 标题：

发表评论人：amazon [2010-6-21 19:27:48]

http://pypi.python.org/pypi/setuptools#files 需要单独安装 easy_install 工具

setuptools-0.6c11.win32-py2.6.exe (md5) MS Windows installer 2.6

博主回复：如果是在xp下，pywin是自带easy_install的，但版本可能较旧，win7下安装可能会有问题。

[3] 标题：

发表评论人：amazon [2010-6-21 19:15:28]

我是 windows7 64位。安装 python-2.6.5.amd64 后，安装pywin32、matplotlib和numpy，提示注册表找不到 python.

改安装 pywin32-214.win32-py2.6，安装pywin32、matplotlib和numpy，成功。但是 C:\\Python26\\Lib\\site-packages\\easy_install.py 提示

C:\\Python26\\Lib\\site-packages\\easy_install.py is not recognized as an internal or external command,

operable program or batch file.

博主回复：不好意思，我还没用过win7，所以不好回答您的问题。抱歉

[2] 标题：

发表评论人：[游客]kxx167 [2010-6-21 18:02:13] ip:219.218.100.*

阎老师的共享精神真值得好好学习

博主回复：不敢当，科学网博客是个很好的交流平台，希望大家都能把自己的宝贝拿出来：）

复杂网络分析库NetworkX学习笔记（2）：统计指标计算

无论是实际网络还是对模型网络进行分析，都离不开对网络拓扑统计指

标的计算。反映网络结构与动力学特性的统计指标有很多，Costa等的Characterization of Complex Networks: A Survey of measurements一文对此有全面的综述，本文仅介绍一些常用的统计指标在NetworkX中如何计算。

一、度、度分布

NetworkX可以用来统计图中每个节点的度，并生成度分布序列。下边是一段示例代码（这段代码可以在Shell里一行一行的输入，也可以将其保存为一个以py结尾的纯文本文件后直接运行），注意看注释部分：

import networkx as nx

G = nx.random_graphs.barabasi_albert_graph(1000,3) #生成一个n=1000，m=3的BA无标度网络

print G.degree(0) #返回某个节点的度 print G.degree() #返回所有节点的度

print nx.degree_histogram(G) #返回图中所有节点的度分布序列（从1至最大度的出现频次）

对上述结果稍作处理，就可以在Origin等软件里绘制度分布曲线了，当然也可以用matplotlib直接作图，在上述代码后接着输入：

import matplotlib.pyplot as plt #导入科学绘图的matplotlib包 degree = nx.degree_histogram(G) #返回图中所有节点的度分布序列 x = range(len(degree)) #生成x轴序列，从1到最大度 y = [z / float(sum(degree)) for z in degree]

#将频次转换为频率，这用到Python的一个小技巧：列表内涵，Python的确很方便：） plt.loglog(x,y,color=\#在双对数坐标轴上绘制度分布曲线 plt.show() #显示图表

二、群聚系数

这个在NetworkX里实现起来很简单，只需要调用方法nx.average_clustering(G) 就可以完成平均群聚系数的计算，而调用