Freesurfer之感兴趣脑区映射及显示

source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh

2. 启动状态如下：

3. 然后在终端输入freeview, 初次使用可能提示缺少插件，运行这条指令：sudo apt-get install

libjpeg62-dev；

4. Freeview界面如下图所示：

Freeview主要用来可视化，把皮层差异映射到脑模板上，脑膜版的形式主要有软膜表面pial, 膨

胀表面inflated及球形表面三种。Freeview可以从三维立体观看皮层表面的差异，默认条件下显示左侧面及右内侧，想要看其他方向需要手动旋转，任一面都可以看，但调整到如正侧面，正后面，正前面就比较难刚刚好调到位置。

5. 先在surface选项把freesurfer安装目录下的/subjects/fsaverage/surf文件夹里的lh.pial和rh.pial

模板导进来，再通过左侧面板中的Overlay菜单选择load generic把.mgh文件到进入来，在Configure Overlay处可修改colorbar的显示形式。

六、映射ROI到皮层模板表面

圆球表面视图

膨胀表面视图

1. 将步骤三生成的同组被试同一特征平均值到皮层模板上。Colorbar有三种形式：Heat, Wheel 及

Custom，显示效果较好的是Wheel，如下图所示。Colorbar的取值范围应根据相应特征的颜色分布来取值，以便最大限度地显示所有信息。不同组被试的同种特征应该设置相同colorbar范围，而不同种特征的colorbar可根据颜色分布自定义。

2. 将步骤四生成的具有权值的特征文件映射到模板上

如下图：

LTLE-NC cortical thickness classification

左图为LTLE-NC的皮层厚度分类其重要脑区分布，右图为RTLE-NC的皮层表面积其重要脑区分布，所有特征的权值均标准化到0.1-1之间，这些重要脑区中，红色代表最重要的脑区，黄绿次之，浅蓝及深蓝代表重要性较低的脑区。

RTLE-NC surface area classification