lammps输入文件命令中文详解

复制以生成一个更大规模的模拟体系.

(3)Settings

原子和分子的拓扑信息定义好后, 你要制定一系列的设置: 力场系数、模拟参数、输出选项 等等.

力场系数可以通过这些命令定义: pair_coeff, bond_coeff, improper_coeff,

angle_coeff,

kspace_style,

dihedral_coeff,

dielectric,

special_bonds. 注意, 其实力场系数也可以在data文件中制定, 详见read_data命令介绍.

各种模拟参数由这些命令设置: neighbor, neigh_modify, group, timestep, reset_timestep,

run_style, min_style, min_modify.

我觉得fix命令是lammps中很重要的一个命令, 它包括很多子命令, 可以施加一系列的边界条件、时间积分、诊断选项等等.

模拟过程中通过下面的命令制定lammps进行各种计算: compute, compute_modify, variable.

输出选项由thermo, dump, restart命令设置.

(4)Run a simulation

使用run命令开始一个分子动力学模拟, 用minimize命令来实施能量最小化(molecular statics),

使用temper命令来进行parallel

tempering(replica-exchange) simulation.

1.4 Commands listed by category

这一节分门别类地列出了lammps的所有命令. 注意有些命令的有些选项是特定的lammps package的一部分, 也就是说只有在编译lammps的时候包括了这些packages, 这些命令才能被使用. 默认情况下编译lammps并不包括所有的packages. 这些依赖关系在相关命令的详细介绍中Restrictions部分中列出了.

Initialization: atom_modify, atom_style,

boundary, dimension, newton, processors, units

Atom definition: create_atoms, create_box, lattice, read_data, read_restart, region, replicate

Force fields: angle_coeff, angle_style, bond_coeff, bond_style, dielectric, dihedral_coeff, dihedral_style, kspace_modify,

improper_coeff,

kspace_style,

improper_style,

pair_coeff,

pair_modify, pair_style, pair_write, special_bonds

Settings: communicate, dipole, group, mass,

min_modify,

min_style,

neigh_modify,

neighbor, reset_timestep, run_style, set, shape, timestep, velocity