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过程中被忽略, 你可以用它来写注释.
(3) $ 是跟声明变量有关系的, 我暂时还没用到过, 具体请参阅variable命令的详细介绍.
(4) 命令行被tabs, spaces间隔成各个“words”, 注意这里的“words”可以包含字母、数字、下划线、或标点符号.
(5) 一行中第一个词是命令名, 后续的词是相关的参数.
(6) 双引号内的文字空格被整体地当作一个参数, 其中的 # 或 $ 就没有前面说的作用了.
1.3 Input script structure
lammps的输入文件一般分为4个部分Initialization, Atom definition, Settings, Run a simulation
后面的两个部分可以按照需要多次重复. Remember that almost all the commands need only be used if a non-default value is desired.
(1) Initialization
在你的模拟体系定义之前, 一些参数必须要被设置. 相关的命令有:units, dimension, newton, processors, boundary, atom_style, atom_modify.
units: 选择单位系统, lammps提供了lj、real、metal三种单位系统
dimension: 2d模拟还是3d模拟, 默认是3d
boundary: 边界条件：周期性边界or自由边界
atom_style: 定义你的模拟体系中的原子属性, 注意这个style要区分后面设置力场参数时命令里提到的atom type
还有, 这些命令告诉lammps在你的模拟中使用何种力场: pair_style, bond_style, angle_style,
dihedral_style, improper_style.
(2) Atom definition
lammps提供3种方式定义原子:
① 通过read_data或read_restart命令从data或restart文件读入, 这些文件可以包含分子拓扑结构信息.
② 按照晶格的方式创建原子(不包含分子拓扑信息), 你会用到这几个命令: lattice, region, create_box, create_atoms.
③ 已经设置好的原子可以用replicate命令
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