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上述例子中在NCBI中搜索了8种昆虫的CytP4 450 。并对CYP4家族中的某些基因进行了进化树的构建。可以看出果蝇(Drosophila melanogaster)与致倦库蚊(Culex quinquefasciatus)被聚类在同一进化分支中,表明它们的亲缘关系最近。而与美散白蚁(Reticulitermes flavipes)的亲缘关系最远。从而对研究生物的抗药性有一定的帮助。
12 进化树的评估
常用的评估进化树的方法有两种,分别是Bootstrap和Jackknife。所谓Bootstraping法就是从整个序列的碱基(氨基酸)中任意选取一半,剩下的一半序列随机补齐组成一个新的序列。这样,一个序列就可以变成了许多序列,一个多序列组也就可以变成许多个多序列组。根据某种算法(最大简约性法、最大似然法、邻位相连法)每个多序列组都可以生成一个进化树。将生成的许多进化树进行比较,按照多数规则(majority-rule)我们就会得到一个最“逼真”的进化树。其数值反应了该树枝的可信的百分比。 所谓Jackknife则是另外一种随机选取序列的方法。它与Bootstrap法的区别是不将剩下的一半序列补齐,只生成一个缩短了一半的新序列。
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结 论
分子生物学和比较基因组学是生物信息学研究的主要内容。昆虫的研究对于我们人类本身具有重大的意义。本文以昆虫基因为载体,介绍了几种常用的构建进化树的软件和方法。从基因的序列搜索、比对、及建立进化树都有说明。而且比较了建立进化树方法的优缺点和适用情况。但在实际中我们要根据所分析的序列特点,合理的选择构建进化树的方法。
在构建进化树的软件中,我们还可以根据需要美化构建的进化树,还可以使进化树呈现不同的形式。这些在本文中没有过多的介绍,可以根据自己的爱好,自己动手尝试。
进化树能很好的表现进化关系。可以直观的看出亲缘关系的远近。对人们了解进化有很大的用途。在昆虫基因研究中,我们可以通过构建进化树了解害虫的耐药性,从而更好的控制害虫。还对经济类昆虫提高产量有很大的意义。总之,昆虫基因的研究与人们的生产、生活方面都有重大的作用。
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致 谢
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在本毕业论文中,xx老师的实事求是、刻苦钻研、认真负责的态度和深厚的理论水平都使我受益匪浅。在以后的学习和工作中我们都应该向他学习,始终保持这种精神,不骄不躁、脚踏实地得做好每一件事。所以,我首先要感谢x老师给我的帮助和精神动力。感谢他不止在本论文中,还有大学四年期间对我的教导和鼓励。
在此还要感谢在这四年中我的所有任课老师,正是您们的辛勤教诲才能让我们在这四年中获得了知识,能够给自己正确的定位。在以后的学习、工作中能充分实现自己的价值。
最后,感谢同组同学的关心,感谢他们在百忙之中抽出时间给予我热心的帮助。
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参 考 文 献
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