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进化树的研究

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本 科 毕 业 论 文

第 25 页 共 29 页

上述例子中在NCBI中搜索了8种昆虫的CytP4 450 。并对CYP4家族中的某些基因进行了进化树的构建。可以看出果蝇(Drosophila melanogaster)与致倦库蚊(Culex quinquefasciatus)被聚类在同一进化分支中,表明它们的亲缘关系最近。而与美散白蚁(Reticulitermes flavipes)的亲缘关系最远。从而对研究生物的抗药性有一定的帮助。

12 进化树的评估

常用的评估进化树的方法有两种,分别是Bootstrap和Jackknife。所谓Bootstraping法就是从整个序列的碱基(氨基酸)中任意选取一半,剩下的一半序列随机补齐组成一个新的序列。这样,一个序列就可以变成了许多序列,一个多序列组也就可以变成许多个多序列组。根据某种算法(最大简约性法、最大似然法、邻位相连法)每个多序列组都可以生成一个进化树。将生成的许多进化树进行比较,按照多数规则(majority-rule)我们就会得到一个最“逼真”的进化树。其数值反应了该树枝的可信的百分比。 所谓Jackknife则是另外一种随机选取序列的方法。它与Bootstrap法的区别是不将剩下的一半序列补齐,只生成一个缩短了一半的新序列。

本 科 毕 业 论 文

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结 论

分子生物学和比较基因组学是生物信息学研究的主要内容。昆虫的研究对于我们人类本身具有重大的意义。本文以昆虫基因为载体,介绍了几种常用的构建进化树的软件和方法。从基因的序列搜索、比对、及建立进化树都有说明。而且比较了建立进化树方法的优缺点和适用情况。但在实际中我们要根据所分析的序列特点,合理的选择构建进化树的方法。

在构建进化树的软件中,我们还可以根据需要美化构建的进化树,还可以使进化树呈现不同的形式。这些在本文中没有过多的介绍,可以根据自己的爱好,自己动手尝试。

进化树能很好的表现进化关系。可以直观的看出亲缘关系的远近。对人们了解进化有很大的用途。在昆虫基因研究中,我们可以通过构建进化树了解害虫的耐药性,从而更好的控制害虫。还对经济类昆虫提高产量有很大的意义。总之,昆虫基因的研究与人们的生产、生活方面都有重大的作用。

本 科 毕 业 论 文

致 谢

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在本毕业论文中,xx老师的实事求是、刻苦钻研、认真负责的态度和深厚的理论水平都使我受益匪浅。在以后的学习和工作中我们都应该向他学习,始终保持这种精神,不骄不躁、脚踏实地得做好每一件事。所以,我首先要感谢x老师给我的帮助和精神动力。感谢他不止在本论文中,还有大学四年期间对我的教导和鼓励。

在此还要感谢在这四年中我的所有任课老师,正是您们的辛勤教诲才能让我们在这四年中获得了知识,能够给自己正确的定位。在以后的学习、工作中能充分实现自己的价值。

最后,感谢同组同学的关心,感谢他们在百忙之中抽出时间给予我热心的帮助。

本 科 毕 业 论 文

参 考 文 献

第 28 页 共 29 页

1 张赞,刘金定,黄水清,李飞.生物信息学在昆虫学研究中的应用.应用昆虫学报,2012,49(1):1-11

2 黄科,曹家树,吴秋云.生物信息学.情报学报,第21卷,第四期,2002 3 叶恭银,方琦.基因组时代的昆虫学研究.应用昆虫学报,2011,48(6):1531-1538

4 李涛,赖旭龙,钟杨.利用DNA序列构建系统树的方法.遗传,2004,26(2):205~210

5 12 Maier D.The complexity of some problems on sobsequences and supersequences.ACM,1978,25(7):322~336

6 Sourdis J,Nei M Relative effcieiencies of the maximum parsi- mony and distance matrix methods in obtaining the correct phyiogenetic tree MolBiol Ev01.1988,5(3):298~311

7 Holder M,Lewis P O.Phylogeny estimation:traditional and Bayesian approaches.Nature,2003,4:275~284

8 Li W H Evolutionary change of restriction cleavage sites and phylogenetic inference Genetics,1986:187~213

9 Mike S.David P.Pasimony,likelihood,and the role of models In molecular phylogenetics.MolBioL Evol,2000,17:839~850 10 Goloboff P A Parsimony.1ikelihood,and simplicity.Cladistics 2003,19:91~103

11 赵国屏.生物信息学.科学出版社,2002

12 徐立业. 多叉进化树构建方法的研究与实现.硕士学位论文.2007 13 谭严芳,金人超.一种基于NJ的高效构建系统进化树算法.2004

14 董安国,高琳,赵建邦,呼加路.基于DNA序列的系统进化树构建.自然科学

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本 科 毕 业 论 文 第 25 页 共 29 页 上述例子中在NCBI中搜索了8种昆虫的CytP4 450 。并对CYP4家族中的某些基因进行了进化树的构建。可以看出果蝇(Drosophila melanogaster)与致倦库蚊(Culex quinquefasciatus)被聚类在同一进化分支中,表明它们的亲缘关系最近。而与美散白蚁(Reticulitermes flavipes)的亲缘关系最远。从而对研究生物的抗药性有一定的帮助。 12 进化树的评估 常用的评估进化树的方法有两种,分别是Bootstrap和Jackknife。所谓Bootstraping法就是从整个序列的碱基(氨基酸)中任意选取一半,剩下的一半序列随机补齐组成一个新的序列。这样,一个序列就可以变成了许多序列,一个多序列组也就可以变成许多

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