进化树的研究

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其中8表示有8个序列，1915表示每个序列有1915个碱基。

二. 用PHYLIP软件推到进化树

1)将PHYLIP软件目录下刚建立的*.phy文件拷贝到exe文件夹中。依次使用seqboot，dnadist，neighbor，consense。seqboot为重复抽样，现已成为分析分子树置信区间最常用的方法。双击进入seqboot，输入建立的*.phy回车。输入r，回车，把bootstrap改为适当的值，如果值太低，树不可靠。这里将bootstrap改为1000。输入1000，回车。再输入y，回车。输入random number seed（随机种子数，必须是奇数）。例如5，回车。可以看到计算过程。

关闭seqboot，在exe文件中出现一个outfile文件。

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2)用dnadist计算核苷酸距离。

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将outfile文件重命名为infile。双击打开dnadist ,输入m，回车。再输

入d，回车。输入刚才设定的republicate的数目，设定好参数后输入y确认。程序开始运行，并在exe中生成一个outfile。将outfile文件名改为infile，为避免与原来infile文件重复，将原先文件改为infile1。

3)在exe下选择通过距离构建进化树的算法。点击neighbor程序，输入m，回车。输入设定的republicate值，回车。输入设定的奇数种子数，回车。输入y确认后，程序开始运行。并在exe文件夹中产生outfile和outtree两个结果输出。outtree文件是一个树文件，可以用treeview等软件打开。outfile是一个分析结果的输出报告，包括了树和其他一些分析报告，可以用记事本直接打开。打开部分内容如下：

4)将outtree文件名改为intree，点击drawtree程序，输入font1文件名，作为参数，输Y回车确认参数。程序开始运行，并出现Tree Preview图。

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5)点击DRAWGRAM程序，输入font1文件名，作为参数。输Y确认参数。程序开始运行，并出现Tree Preview图。

6)将exe文件夹中的outfile文件名改为outfile1，以避免被新生成的outfile 文件覆盖。点击consense程序。输入y确认设置。exe文件夹中新生成outfile和outtree。Outfile文件用记事本打开，内容如下：

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7)将exe文件夹中的intree文件名改为intree1，将outtree改intree。点击drawtree程序，输入font1文件名，作为参数。输Y确认参数。程序开始运行，并出现Tree Preview图。

8)点击DRAWGRAM程序，输入font1文件名，作为参数。输Y确认参数。程序开始运行，并出现Tree Preview图。