进化树的研究

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化计算，可以只考虑要求选取的位点。MP法利用每个可变位点的所有进化路径的分支(包括内部或外部)的核苷酸平均替代数估算分支长度。当分类群较少时，可穷尽式搜索所有可能的树从而找到最优树；当分类群较多时，可以采用分支限界法和启发式搜索两种搜索方法，只搜索那些可能正确的树。

11 构建进化树的软件及实例

11.1 用MEGA软构建进化树的步骤

1）序列文本

建树之前先将每个样品的序列都分别保存为txt文本中，序列只包含序列字母（ATCG或氨基酸简写字母）。

2）序列导入MEGA 软件中，界面如下：

然后导入需要构建进化树的序列：执行Align-Edit/Build Alignment 点击OK。如果是DNA序列，点击DNA，如果是蛋白质序列，点击Protein。

执行Edit-Insert Sequence From File 插入要建立进化树的序列。

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3）序列比对分析

点击Alignment-Align by ClustalW 或直接点击W,开始比对，比对完成后删除序列两端不能完全对齐的碱基。然后点击Data-Phylogentic Analysis 进行系统分析。关闭该窗口并保存。

4）进化树的构建

选择Analysis-Phylogeny，然后选择需要采用的分析方法构建进化树，以NJ树为例，Bootstrap 选择1000，点Computer，开始计算，计算完毕，生成系统进化树。

11.2实例

在NCBI上搜索小胸鳖甲Microdera puctipennis(Genebank 登录号：JF421286.1)光滑鳖甲Anatolica punctipennis（Genebank 登录号： EF569673.1）、赤拟谷盗Tribolium castaneum （Genebank 登录号：XP974442）、

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半目大蚕蛾 Antheraea yamamai（Genebank 登录号：AB179657.1）、二化螟（Chilo suppressalis ，Genebank 登录号：ADE05296.1），粘虫（Mythimna separate，Genebank 登录号：ABY55233.1），谢氏宽漠王（Mantichorula semenowi，Genebank 登录号：ADB44081.1），果蝇（Drosophila auraria，Genebank 登录号：CAA55168），拟南芥（Arabidopsis thaliana，Genebank 登录号：CAA05574.1）等昆虫的HSP70氨基酸序列。通过MEGA软件，采用Neighbor-Joining法，重复1000次，构建Bootstrap验证的系统进化树：

此方法结果表明，HSP70基因的保守性很强，小胸鳖甲与同科的光滑鳖甲亲缘关系最近，其次是赤拟谷盗，而与同科的谢氏宽漠王关系较远，推测结果可能与它们的地理环境不同有关。小胸鳖甲与光滑鳖甲的采集地点相同，生活环境也比较相似，而与谢氏宽漠王的区别较大[16]。此例也说明了环境对生物进化的影响。

11.3 用CLUSTALX 和PHYLIP软件构建进化树

一. 用CLUSTALX软件对已知DNA序列做多序列比对。由于前面已有详细的比对方

法，这里只就比例，简单的说明。步骤如下：

1)以FASTA格式准备好DNA序列*.txt文件（例sequence.txt）如下图所示：

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2)进入CLUSTALX程序，点击File进入Load Sequence,打开上述txt文件。

3)点击Alignment-Alignment parameters，在其子目录下选择Multiple Alignment parameters，设置比对参数。设置好后点OK确认。点击Alignment –Output Format Option选择PHYLIPH输出格式。点击Alignment-Do Complete Alignment，进行完全比对。文件在PHYLIP软件目录下以*.phy存在。用记事本方式打开文件部分序列如下：